Arrêt maladie en alternance : rémunération et démarches

En arrêt maladie pendant ton alternance, tu ne perds pas tout ton salaire : tu perçois des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS), le plus souvent complétées par un maintien de salaire de ton employeur. Les IJSS sont versées après un délai de carence de 3 jours et valent environ 50 % de ton salaire journalier de base. Si tu as au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise, l'employeur ajoute un complément (loi de mensualisation) qui peut porter ta rémunération à 90 % de ton brut. Bonne nouvelle côté études : ton arrêt ne rompt pas ton contrat et ta formation au CFA reprend à ton retour.

Voici, concrètement, ce que tu touches, les conditions à remplir, les démarches à faire dans les 48 heures et ce qui se passe pour tes cours et tes examens.

Les démarches : préviens ton employeur et ton CFA sous 48 h

Dès que ton médecin te prescrit un arrêt, tu as 48 heures pour agir :

• Envoie ton arrêt de travail à ta caisse d'Assurance Maladie (les volets 1 et 2, ou la télétransmission par ton médecin) ;
• Transmets le volet 3 à ton employeur pour justifier ton absence ;
• Préviens ton CFA et envoie-lui aussi un justificatif : en alternance, une absence en cours doit être justifiée comme une absence en entreprise.

Si tu dépasses le délai de 48 heures, ta caisse peut réduire le montant de tes indemnités. Le réflexe : prévenir vite, par tous les moyens, puis régulariser avec le document officiel.

Les indemnités de la Sécurité sociale (IJSS)

En tant qu'alternant (apprenti ou contrat de professionnalisation), tu es un salarié : tu es couvert par l'Assurance Maladie exactement comme les autres. Sous conditions, tu perçois des indemnités journalières (IJSS).

Les conditions pour y avoir droit

Pour ouvrir tes droits sur un arrêt de moins de 6 mois, tu dois remplir l'une de ces conditions :

• avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois (ou 90 jours) précédant l'arrêt ;
• ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le Smic horaire sur les 6 mois précédant l'arrêt.

La plupart des alternants à temps plein remplissent facilement la condition des 150 heures.

Le montant et le délai de carence

L'indemnité journalière est égale à 50 % de ton salaire journalier de base (calculé à partir de tes 3 derniers salaires bruts divisés par 91,25, dans la limite d'un plafond). Elle n'est versée qu'à partir du 4e jour d'arrêt : les 3 premiers jours constituent le délai de carence, pendant lequel la Sécu ne verse rien.

Comme le salaire d'alternant est souvent modeste, l'IJSS l'est aussi. Pour connaître le montant exact selon ta rémunération, fais une simulation sur ameli.fr plutôt que de te fier à une estimation. Pour comprendre ta base de rémunération, vois notre guide du salaire en alternance 2026 et son pendant en net.

Le maintien de salaire de ton employeur

C'est ce qui change tout. Grâce à la loi de mensualisation (article L1226-1 du Code du travail), ton employeur peut te verser un complément de salaire qui vient s'ajouter aux IJSS. Conditions principales :

• avoir au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise à la date de l'arrêt ;
• transmettre ton arrêt dans les délais ;
• être pris en charge par la Sécurité sociale.

Le complément légal permet de toucher, en te comptant les IJSS, 90 % de ta rémunération brute pendant une première période, puis deux tiers (66,66 %) ensuite, la durée augmentant avec ton ancienneté. Attention : ce complément employeur a son propre délai de carence de 7 jours (il démarre en général au 8e jour d'absence), sauf si ta convention collective est plus favorable.

Bon à savoir : beaucoup de conventions collectives prévoient un maintien de salaire plus généreux (dès le 1er jour, sans condition d'ancienneté, à 100 %). Vérifie la tienne : c'est souvent elle qui décide de ce que tu touches réellement.

Et ta formation au CFA ?

Un arrêt maladie suspend ton contrat, mais ne le rompt pas : ta relation avec l'entreprise et ton CFA continue, et tu reprends normalement à la fin de l'arrêt. Concrètement :

• les cours manqués ne sont pas « perdus » : rapproche-toi de ton CFA pour organiser le rattrapage des séances et des évaluations ;
• en cas d'arrêt tombant sur un examen, préviens immédiatement le CFA : selon les cas, une session de remplacement ou un aménagement peut être prévu ;
• ton absence justifiée n'entame pas ta rémunération d'alternant au-delà du mécanisme IJSS + maintien de salaire décrit plus haut.

Un arrêt maladie n'ampute pas non plus tes congés payés en alternance, et ta mutuelle en alternance peut prendre le relais sur une partie des frais de santé restants : pense à vérifier ta couverture.

Le cas particulier de l'accident du travail

Si ton arrêt fait suite à un accident du travail ou de trajet (ou à une maladie professionnelle), les règles sont plus protectrices : pas de délai de carence côté Sécurité sociale (indemnisation dès le 1er jour) et des indemnités journalières majorées. Ton employeur doit déclarer l'accident. Les montants exacts figurent sur ameli.fr, rubrique accident du travail.

À retenir

En arrêt maladie pendant ton alternance, tu touches des IJSS (≈ 50 % du salaire journalier de base) après 3 jours de carence, très souvent complétées par un maintien de salaire employeur si tu as 1 an d'ancienneté (jusqu'à 90 % du brut, carence de 7 jours). Préviens ton employeur, ta caisse et ton CFA sous 48 h. Ton contrat est seulement suspendu : ta formation reprend et se rattrape. En accident du travail, pas de carence et indemnités majorées. Simule ton montant réel sur ameli.fr.

Disclaimer (juillet 2026) : les règles, taux et conditions cités sont ceux vérifiés en juillet 2026 sur les sites officiels (ameli.fr, service-public.gouv.fr, Code du travail). Ils évoluent et ta convention collective peut être plus favorable. Vérifie et simule toujours ta situation précise sur ameli.fr et service-public.gouv.fr avant toute démarche.